Ректорат
- Факультеты и отделения:
а) теологии,
б) лингвистики
в) заочно-вечернего обучения
г) отделение самоподготовки
2. Кафедры:
а) религиоведческих дисциплин
б) общегуманитарных дисциплин
в) языковых дисциплин
3. Отделы:
а) Учебно –методический
б) Редакционно-издательский
в) Международный
г) Административно-хозяйственный
д) Культурно-воспитательный
е) Информационный
Кроме того, при Московском исламском университете действуют:
- Московский исламский институт (религиозное образовательное учреждение)
- Воскресная исламская школа
- Мусульманская религиозная община «Алиф»